Nanjing gilt als die zentrale Verkehrsdrehscheibe des Jangtsekiang-Deltas und integriert alle gebräuchlichen Verkehrsmittel. Wie in allen chinesischen Städten spielt für den Großteil der Bevölkerung der Öffentliche Verkehr eine dominante Rolle.

Straße

Als Regionaldrehscheibe wird Nanjing von mehr als 60 Staats- und Provinzautobahnen erschlossen, die in alle Teile Chinas führen. Express Highways wie Hu-Ning, Ning-He, Ning-Hang bringen Pendler nach Shanghai, Hefei, Hangzhou und andere bedeutende Städte. Innerhalb der Stadt verlaufen 230 km Autobahnen, was einer Dichte von 3,38 km pro 100 km² entspricht. Bezogen auf alle Straßen liegt die Dichte bei 112,56 km pro 100 km².

Eisenbahn

Nanjing ist ein wichtiger Eisenbahnknoten. Die wichtigsten Stammstrecken führen in Richtung Shanghai, Suzhou und Wuxi; über sie bestehen Direktverbindungen in zahlreiche Großstädte des Landes. Der Hauptbahnhof befindet sich nördlich des Xuanwu-Sees. Daneben gibt es am Yangzi-Ufer nahe der Brücke den Bahnhof Nanjing West und in der Nähe der Blumenregenterrasse den Bahnhof Nanjing Süd, welcher immer mehr an Bedeutung gewinnt und von dem die meisten Hochgeschwindigkeitszüge Richtung Shanghai, Wuhan und Peking abfahren. Etwas außerhalb der Stadt liegt der Ostbahnhof Nanjings. Seit dem Jahr 2005 kann man mit einer U-Bahn vom Hauptbahnhof bis zur Olympiaanlage fahren. Es sind viele weitere Strecken geplant bzw. in Bau. Im Vorort Jianning ist derzeit der neue Südbahnhof geplant, der den Anschluss zum Hochgeschwindigkeitsverkehr zwischen Peking und Shanghai gewährleisten soll.

Öffentlicher Personennahverkehr

Der öffentliche Busverkehr der Stadt wird von den Gesellschaften Nanjing Gongjiao, Zhongbei, Argos und Xincheng betrieben, die auf 170 Strecken alle Teile der Stadt inklusive der Vororte erschließen. Die erste Nanjinger U-Bahn-Linie nahm ihren Betrieb am 15. Mai 2005 auf, Linie 2 und eine dritte existieren bereits. Überall in der Stadt wird an der 4.Linie gebaut. Bis zum Jahr 2050 soll ein 433 km langes U-Bahn-System entstehen.

Luftverkehr

Nanjings Flughafen, der Flughafen Nanjing-Lukou, liegt dem Passagieraufkommen nach auf Platz 15 unter den 126 chinesischen Zivilflughäfen, beim Frachtaufkommen auf Platz 10. Derzeit bestehen 85 Verbindungen ins In- und Ausland, darunter solche nach Japan, Korea, Thailand, Singapur und nach Deutschland. Lufthansa bedient ab 31. März 2008 die Strecke von Frankfurt am Main mit der Flugnummer LH780 aus dreimal wöchentlich mit einem Airbus A340-300. Autobahnen führen nicht nur ins 35 km nach Norden entfernte Stadtzentrum, sondern auch direkt in Nachbarstädte.

Wasserverkehr

Der Hafen von Nanjing ist der größte Binnenhafen Chinas mit einem Durchsatz von jährlich 66 Mio. Tonnen (2003). Das Hafengelände erstreckt sich über 98 km und verfügt über 64 Kais, von denen 16 Schiffe mit einer Tonnage von mehr als 10.000 Bruttoregistertonnen abfertigen können. Nanjing ist auch der größte Containerhafen am Yangzi. Mit der Eröffnung der eine Million Container fassenden Longtan Containers Port Area im März 2004 bekräftige Nanjing seinen Anspruch als führender chinesischer Flusshafen. Da am Hafengelände gleich zwei große Raffinerien der großen chinesischen Ölveredeler liegen, gilt Nanjing auch als wichtiges Zentrum in der Ölbranche.