Nanjing hat ein subtropisches Monsunklima mit vier ausgeprägten Jahreszeiten und gehört neben den Städten Wuhan und Chongqing zu den drei so genannten "Hochöfen am Jangtsekiang". Die Sommer sind heiß und feucht bei Monatsdurchschnittstemperaturen bis zu 28 °C (Tagestemperaturen bis maximal 43 °C) und Luftfeuchtigkeit bis zu 81 %; die Winter sind kalt mit Monatsdurchschnittstemperaturen von 2 °C. Alle 12 Monate sind humid. Die beste Reisezeit ist der Herbst (September bis November).