Die große, dreistöckige Halle Lhagyi ist der größte Versammlungsort im ganzen Kloster. Die Halle hat eine Fläche von über 2000 Quadratmetern und kann 3000 Personen aufnehmen. Die große Halle Yangbagyian befindet sich an der westlichen Seite der großen Halle Lhagyi und hat vier Stockwerke. Sie umfasst die Halle der Schutzgottheiten, die des Lehrmeisters, die der "Altarstadt" sowie die Halle mit einem silbernen Stupa für alle ins Nirwana eingegangenen Gandain Tribas (Äbte) des Klosters. Die Halle Sidongkang stammt aus der früheren Bauphase und diente anfangs als Schlafzimmer Tsongkapas. Nachdem er 1419 ins Nirwana eingegangen war, wurde sie zu einer Gedenkhalle mit einem Stupa für ihn umgebaut. Darin werden viele von ihm hinterlassene Gegenstände aufbewahrt. Die Räume für buddhistische Kollegien und die Wohnstuben für die Mönche liegen hauptsächlich im westlichen Teil der Klosteranlage. In der Qing-Dynastie gab es im Kloster 3300 Mönche, in der Blütezeit lebten dort über 5000 Mönche. Der Dharma-König Shiaze und der Dharma-König Jamze waren berechtigt, abwechselnd das Amt des Abtes zu übernehmen. Von Tsongkapa an gezählt, ist der heutige Abt der 97. Amtsträger. In der Geschichte war der Abt des Klosters berechtigt, in der Periode zwischen zwei Dalai Lamas das Amt des Dalai Lamas zu übernehmen, auszuüben und die politischen und religiösen Angelegenheiten zu verwalten. In der Gelug-Sekte ist der Gandain Tribas, also der Abt dieses Klosters nur Dalai Lama und Panchen Lama untergeordnet.

1961 wurde das Gandain-Kloster als Schlüsselkulturstätte Chinas unter den Denkmalschutz gestellt. In der Kulturrevolution (1966-1976) wurde es schwer beschädigt; in den letzten Jahren ist es restauriert und renoviert worden.