Im Jahr 1644 errichtete die Qing-Dynastie die Herrschaft der Mandschuren über China. Sie versuchte nach historischen Gepflogenheiten auch die Souveränität über Tibet auszuüben. Die von der Ming-Dynastie ernannten tibetischen Beamten konnten ihre Amtsposten beibehalten, solange sie die Amtssiegel und Ernennungsurkunden der alten Dynastie abgaben und die Amtssiegel und Ernennungsurkunden der neuen Dynastie entgegennahmen. Im Jahr 1652 wurde der 5. Dalai Lama nach Beijing eingeladen, um dem Qing-Kaiser Shunzhi seine Aufwartung zu machen. Im nächsten Jahr bestätigte der Qing-Kaiser offiziell den Ehrentitel ,,Dalai Lama“ und überreichte ein vergoldetes Ernennungszertifikat und ein Amtssiegel. Später wurde es zur Regel, dass die Zentralregierung jedem neuen Dalai Lama diesen Titel verlieh und immer wieder bestätigte.

Auf der Grundlage der Zusammenfassung der Erfahrungen der Yuan- und der Ming-Dynastie für die Verwaltung Tibets hat die Qing-Dynastie im Hinblick auf die Veränderung der aktuellen Lage die Verwaltung Tibets einer bedeutenden und umfassenden Reform unterzogen. Zum Beispiel: Akkreditierung eines Hochkommissars für die Verwaltung ganz Tibets; Anpassung des politischen und religiösen Verwaltungssystems für Tibet und Festlegung des Rahmens des administrativen Verwaltungssystems und der Organisationsform der lokalen politischen Macht; Titelverleihung für den Dalai Lama und den Panchen Erdeni; Festlegung des Prinzips, dass die Entscheidungsbefugnis betreffs der auswärtigen Angelegenheiten und der grenz- und verteidigungsbezogenen Angelegenheiten Tibets der Zentralregierung gehört.