In hohem Maße verbesserten sich auch die medizinischen Bedingungen. Ende 2006 gab es in der Inneren Mongolei 3693 medizinische Instituten. 70.300 Krankenbetten standen zur Verfügung, ein Wachstum von 1,2 Prozent im Vergleich zum Vorjahr. In ländlichen Gebieten arbeiteten 17.700 Fachkräfte in 13.100 Kliniken beziehungsweise Krankenhäusern, das bedeutet jeweils einen Zuwachs um 4,5 und 5,7 Prozent.