Im Jahr 1644 machte die Qing-Dynastie Beijing zur Hauptstadt und vereinigte dann China. Sie übte nach historischen Gepflogenheiten die Souveränität über Tibet aus. Die von der Ming-Dynastie ernannten tibetischen Beamten konnten ihre Amtsposten beibehalten, solange sie die Amtssiegel und Ernennungsurkunden der alten Dynastie abgaben und die Amtssiegel und Ernennungsurkunden der neuen Dynastie entgegennahmen. Im Jahr 1652 kam der 5. Dalai Lama auf Einladung nach Beijing, um dem Qing-Kaiser Shunzhi Aufwartung zu machen. Im nächsten Jahr verlieh ihm der Qing-Kaiser offiziell den Ehrentitel "Dalai Lama", ein vergoldetes Ernennungszertifikat und ein Amtssiegel. Später war es eine Regel, dass die Zentralregierung jedem neuen Dalai Lama diesen Titel verlieh und immer wieder bestätigte.

Auf der Grundlage der Zusammenfassung der Erfahrungen der Yuan- und der Ming-Dynastie für die Verwaltung Tibets hat die Qing-Dynastie im Hinblick auf die Veränderung der wirklichen Situation und Lage die Verwaltung Tibets einer bedeutenden und umfassenden Anpassung unterzogen. Zum Beispiel:

— Akkreditierung eines Hochkommissars für die Verwaltung ganz Tibets. Es wurde festgelegt, dass der in Tibet akkreditierte Hochkommissar die gleiche Stellung wie der Dalai Lama und der Panchen Erdeni hatte. Er kontrollierte die von dem Dalai Lama geleitete Kashag-Regierung. Die Kaloons und Mdardpons wurden von der Zentralregierung der Qing-Dynastie auf Vorschlag des Dalai Lama und des in Tibet akkreditierten Hochkommissars ernannt, und die anderen Beamten wurden von dem Hochkommissar und dem Dalai Lama gemeinsam ausgewählt.

— Anpassung des politischen und religiösen Verwaltungssystems für Tibet und Festlegung des Rahmens des administrativen Verwaltungssystems und der Organisationsform der lokalen politischen Macht. Zum Beispiel wurde das Präfektensystem abgeschafft und die Kashag-Regierung (die ehemalige tibetische Lokalregierung) für die Verwaltung der lokalen administrativen Angelegenheiten gegründet.

— Titelverleihung für den Dalai Lama und den Panchen Erdeni und Festigung der politischen und religiösen Stellung des Reinkarnationssystems der beiden Großen Lebenden Buddhas. Das System der Losziehung aus der goldenen Urne wurde festgelegt, nach dem die Seelenkinder des Dalai Lama, des Panchen Erdeni und jedes Großen Lebenden Buddhas durch die Losziehung aus der goldenen Urne unter der Aufsicht des Hochkommissars bestätigt werden sollen und erst nach der Genehmigung durch die Zentralregierung die Nachfolge legal antreten dürfen.

— Festlegung des Prinzips, dass die Entscheidungsbefugnis betreffs der auswärtigen Angelegenheiten und der grenz- und verteidigungsbezogenen Angelegenheiten Tibets der Zentralregierung gehört.

— Festlegung des Grenzverlaufs zwischen Tibet einerseits und Qinghai, Sichuan und Yunnan andererseits, der dem Dalai Lama und dem Panchen Erdeni unterstellten Gebiete und der Kompetenzen der beiden Großen Lebenden Buddhas sowie der dem Hochkommissar unmittelbar unterstehenden Gebiete.

Während des Opiumkriegs im Jahr 1840 kämpften die tibetischen Offiziere und Soldaten aus Chuangan (heute Sichuan, Qinghai und Gansu) in Ningbo, Dabaoshan und anderen Orten an der südöstlichen Küste Chinas heldenhaft gegen die britischen Truppen und versetzten ihnen heftige Schläge. In derselben Zeit entsandte der britische Imperialismus Truppen zum Angriff gegen Ngari und andere westliche Gebiete Tibets. Unter der Aufsicht und Anleitung des Hochkommissars führten der 13. Dalai Lama und der 9. Panchen Erdeni gemeinsam die tibetische Armee und Bevölkerung zum Kampf gegen die britischen Aggressoren. 1888 und 1904 führten die tibetische Armee und Bevölkerung zweimal einen heldenhaften Kampf gegen die britischen Aggressoren.