Im Jahr 1227 vernichtete das Mongolen-Reich das Xixia-Reich. Im Jahr 1247 vereinbarten Sakya Pandita, der Führer der Sagya-Sekte des Tibetischen Buddhismus, und der mongolische Prinz Godan in Liangzhou (heute Wuwei in der Provinz Gansu), dass sich Üs-Tsang (heute Lhasa, Xigaze und Ngari von Tibet) der Herrschaft des Mongolischen Khanats unterwarf und die Stammeschefs mit Amtstiteln belehnt werden sollten. Im Jahr 1271 benannte der mongolische Herrscher seine Dynastie in "Yuan-Dynastie" um. So wurde Üs-Tsang eines der Verwaltungsgebiete, die der direkten Verwaltung der Zentralregierung der Yuan-Dynastie unterstanden, und gehört seitdem zum chinesischen Territorium.

Im Hinblick auf die Besonderheiten Tibets ergriff die Yuan-Dynastie für die Verwaltung Tibets eine Reihe politischer Maßnahmen von weitreichendem Einfluss.

— Einrichtung des "Zongzhi Yuan" (Generalrat) (1288 wurde er in "Xuanzheng Yuan" (Politischer Rat) umbenannt) als des Zentralorgans für die Verwaltung der Angelegenheiten Tibets. Der Kanzler übernahm das Amt des exekutiven Präsidenten des "Xuanzheng Yuan", während ein vom "Kaiserlichen Tutor" empfohlener Mönch das Amt des Vizepräsidenten bekleidete.

— Ernennung tibetischer Mönche und Laien als hochrangige Beamte auf zentraler bzw. lokaler Ebene. Im Jahr 1260 verlieh der Yuan-Kaiser, Kublai Khan, Pagba, einem hochgestellten Mönch der Sagya-Sekte, den Titel "Staatlicher Tutor", der 1270 in "Kaiserlicher Tutor" umbenannt wurde. Das war das höchste Amt der geistlichen Beamten in der chinesischen Geschichte. Von da an war "Kaiserlicher Tutor" ein hoher Beamter in der Zentralregierung, der direkt vom Kaiser ernannt wurde. Er war verantwortlich für die buddhistischen Angelegenheiten des ganzen Landes und die lokalen Angelegenheiten von Üs-Tsang. Von da an wurden die Einrichtung bzw. Abschaffung der lokalen Verwaltungsorgane sowie die Ernennung bzw. Abberufung, Beförderung bzw. Degradierung und Belohnung bzw. Bestrafung der Beamten von Üs-Tsang von der Zentralregierung entschieden.

— Festlegung der administrativen Gliederung Tibets. Die Zentralregierung der Yuan-Dynastie hat drei Befriedungs-Kommissariate, nämlich das Üs-Kommissariat, das Tsang-Kommissariat und das Ngaris Korsum-Kommissariat eingerichtet und sie dem Xuanzheng Yuan unterstellt. Außerdem richtete sie in Üs-Tsang 13 "Zehntausend-Haushalte-Gemeinschaften" und einige "Tausend-Haushalte-Gemeinschaften" ein und erhob von ihnen Steuern. In Sasgya (heute Sa’gya), der Hauptstadt von Üs-Tsang, wurde "Dpan Chen" eingerichtet, der den Befriedungs-Kommissariaten bei der Kontrolle über die "Zehntausend-Haushalte-Gemeinschaften" helfen sollte.

Die Einrichtung der drei Befriedungs-Kommissariaten in der Yuan-Dynastie hat die Grundlage für die administrative Gliederung der tibetischen Siedlungsgebiete seit der Ming- und der Qing-Dynastie gelegt.